Ventilația sistemului trebuie efectuată cu mare atenție. Pe de o parte, trebuie îndepărtat gazul de fermentație din decantor, iar pe de altă parte trebuie asigurată ventilația corespunzătoare a unității de tratare Biorock.
Diametrul indicat în instrucțiunile BIOROCK este de 100 mm. Acesta este standardul european și tocmai din această perspectivă sistemul BIOROCK a trecut testele inițiale de certificare și funcționează în alte țări.
Diametrul de 110 mm utilizat pe scară largă este un minim. Pentru a lua măsurile de precauție necesare, ca și în cazul instalării oricărui sistem de ventilație sanitară, nu ar trebui să existe coturi de 90°. Sistemul va funcționa perfect cu coturi de 45° fără pantă inversă. Diametrul conductelor de admisie în decantorul primar trebuie să fie cel puțin egal cu diametrul ieșirii de evacuare a efluenților clădirii.